Sekolah Menengah Kebangsaan Raja Sakti telah dibuka pada 01 Januari 1965 dan menumpang di Sekolah Kebangsaan Mentuan dengan pengajaran diadakan pada sesi petang. Seramai 99 orang murid sulung telah mendaftar di tingkatan satu dan ditempatkan di empat buah kelas.Guru Besar yang pertama ialah Tn. Hj. Chik bin Putih dengan dibantu oleh empat orang guru penolong. Pengurus bersama sekolah ini ialah Tn. Hj. Nik Hassan b. Ibrahim.
Pembinaan sekolah ini siap pada penghujung tahun 1970 dengan dua blok bangunan sekolah dan satu blok bangunan kantin di kawasan seluas 12.25 ekar di pekan Kedai Lalat kira-kira 10 kilometer dari Bandar Kota Bharu. Perasmian bangunan baru ini dilakukan pada 05 Julai 1974 oleh YB.Tn. Hj. Mohammad b. Yaacob, Menteri Pelajaran ketika itu.
Pada awalnya SMK. Raja Sakti dikenali dengan nama Sekolah Menengah Rendah Kedai Lalat sempena dengan kedudukan sekolah yang terletak di kawasan Kedai Lalat. Pada permulaan operasinya (1965) sekolah ini diberi taraf gred C. Tingkatan empat mula dibuka pada 01 Januari 1978 dan serentak dengan itu nama Sekolah Menengah Rendah Kedai Lalat telah ditukar menjadi Sekolah Menengah Kedai Lalat kemudian dinaikkan taraf ke gred B. Selepas itu, nama sekolah ini ditukar sekali lagi dengan nama Sekolah Menengah Raja Sakti kerana mengambil sempena nama Raja Sakti pengasas Kerajaan Jembal yang memerintah negeri Kelantan antara tahun 1636 hingga 1721 M.
Upacara perasmian nama baru sekolah ini dilakukan pada 12 Mei 1983 oleh YBM. Tengku Razaleigh Hamzah, Menteri Kewangan Malaysia pada masa itu. Seterusnya pada 01 Januari 1995,Sekolah Menengah Kebangsaan Raja Sakti telah dinaikkan taraf ke gred A.
Sepanjang penubuhan sekolah ini ,seramai 13 orang pengetua telah berkhidmat di sekolah ini. Pengetua sekarang ialah Tn. Hj. Kamarul Zaman bin Daud yang mula berkhidmat di sekolah ini pada kira-kira awal tahun 2006 .
SMK. Raja Sakti menerima pelajar dari sekolah-sekolah salurannya iaitu:
Sekolah Kebangsaan Cica Menyabong
Sekolah Kebangsaan Kota Jembal
Sekolah Kebangsaan Raja Bahar
Sekolah Kebangsaan Sering
Sekolah Kebangsaan Mentuan
